System kanalizacyjny w Gminie Skoki tworzy ponad 15 km sieci kanalizacyjnej posadowionej w miejscowościach: Skoki, Lechlin, Stawiany i Pawłowo Skockie oraz 10 przepompowni ścieków posadowionych w miejscowościach: Skoki, Pawłowo Skockie, Stawiany, Rejowiec, Lechlin będącej majątkiem Gminy Skoki. Ponadto do systemu kanalizacyjnego włączona została sieć wybudowana w ramach projektu „Kanalizacja obszaru Parku Krajobrazowego Puszczy Zielonka i okolic” o długości 44,5 km wraz z 24 pompowniami ścieków, którą administruje Aquanet Sp. z o.o. w Poznaniu.
Miasto Skoki skanalizowane jest w około 95 %. Kanalizacja sanitarna wybudowana jest w także w miejscowościach: Lechlin, Rakojady, Pawłowo Skockie, Stawiany, Roszkówko, Rejowiec i Szczodrochowo, część miejscowości Sława Wielkopolska oraz Sławicy.
Sieć kanalizacyjna pozostająca w administrowaniu przez Zakład składa się z kanalizacji grawitacyjnej, podciśnieniowej i ciśnieniowej. Ścieki z poszczególnych miejscowości odprowadzane są od 2016 roku do oczyszczalni ścieków w Szlachęcinie.
Większość sieci kanalizacyjnej powstała na przełomie lat 90-tych i jest nadal rozbudowywana dzięki udziałowi Gminy Skoki w projekcie „Kanalizacja obszaru Parku Krajobrazowego Puszczy Zielonka i okolic”.
Zakład notuje rocznie ok. 20 awarii na kanalizacji grawitacyjnej, 180 awarii na kanalizacji podciśnieniowej (w okresie zimowym ok. 2 awarie dziennie). Awarie na sieci kanalizacji podciśnieniowej występują przede wszystkim w okresie zimowym, gdy temperatura powietrza spada poniżej -5oC. Rozwiązaniem jest zabezpieczenie termiczne studni podciśnieniowych. Z analizy systemu sieci kanalizacji podciśnieniowej wynika, iż przebudowa systemu podciśnieniowego generowałaby znaczne koszty inwestycyjne. Z racji ukształtowania terenu zmiana obecnego układu ciśnieniowego na grawitacyjny jest niemożliwa.